struktura biopolymeru prostorová

struktura biopolymeru prostorová ^{1}

souhrnný pojem pro prostorové uspořádání molekuly, dané konfigurací všech center chirality a konformací všech jednoduchých vazeb. Protože konfigurace monomerních jednotek biopolymerů je stálá (L-aminokyseliny, β-D-ribosa v nukleotidech), používá se někdy pro prostorovou strukturu pojem konformace. Jedná se o základní strukturní charakteristiku biologicky funkčního biopolymeru. Prostorové uspořádání je stabilisováno nejrůznějšími typy nekovalentních interakcí, někdy však též kovalentními příčnými vazbami (např. disulfidové vazby v bílkovinách). Při jeho popisu rozlišujeme několik úrovní:

sekundární struktura, popis prostorových vztahů sousedních nebo blízkých částí polymerního řetězce; jiná definice: uspořádání hlavního řetězce biopolymeru bez ohledu na strukturu postranních řetězců a na vztahy k jiným molekulám. Sekundární struktura bývá často periodická (viz bílkoviny - periodické motivy, viz dihelix DNA, šroubovicová struktura amylosy);

struktura supersekundární, vytvářená interakcemi mezi jednotlivými periodicky uspořádanými částmi jediného řetězce (u bílkovin motivy αα, αβα, několik úseků β-struktury apod.);

struktura doménová, representovaná relativně nezávisle svinutou částí řetězce (viz bílkoviny - domény);

struktura terciární, uspořádání všech atomů molekuly v prostoru bez ohledu na vztahy k ostatním molekulám; jde tedy o popis prostorových vztahů vzdálených částí polymerního řetězce jakož i popis celkového tvaru molekuly;

struktura kvarterní, vyskytující se pouze u biopolymerů složených ze dvou a více řetězců, které jsou spojeny obvykle nekovalentními vazbami (např. oligomerní bílkoviny, tetramerní struktura hemoglobinu); jiná definice: uspořádání podjednotek biopolymeru v prostoru bez ohledu na jejich vnitřní geometrii.

struktura biopolymeru prostorová {1}

struktura biopolymeru prostorová ^{1}