část molekuly bílkoviny, která je prostorově uspořádána víceméně nezávisle na zbytku molekuly; v tomto případě hovoříme o strukturní doméně. V případě, že doména má vyhraněnou funkci, hovoříme o doméně funkční. U enzymů se setkáváme s funkčními doménami, které jsou schopny samostatně vázat substrát; např. většina dehydrogenas, zajišťujících přenos vodíku na koenzymNAD+, má pro tento substrát vazebnou doménu.