bakterie denitrifikační, anaerobní chemoorganotrofní bakterie, získávající energii oxidací organických látek, přičemž konečným akceptorem elektronů v dýchacím řetězci je dusičnanový ion, který se redukuje na dusitan, oxid dusný nebo molekulový dusík. Jejich význam tkví v tom, že odstraňují nadbytečný dusík z biosféry (viz koloběh dusíku).

bakterie fototrofní, pro něž je zdrojem energie světelné záření. Donorem vodíku je u fotolithotrofních bakterií nejčastěji sulfan (produkují síru), u fotoorganotrofních bakterií organická látka, např. 2-propanol (produkují aceton) nebo mastná kyselina (anoxygenní fotosynthesa).

bakterie halofilní, které se dobře rozmnožují při koncentraci chloridu sodného 15 % a vyšší; jsou tedy adaptovány na prostředí s vysokou iontovou silou a vysokým osmotickým tlakem. Jsou schopny využívat světlo jako zdroj energie pro vznik proton-motivní síly (viz bakteriorhodopsin); jde o zvláštní typ fototrofního metabolismu.

bakterie hlízkovité, bakterie rodu Rhizobiaceae, žijící v symbiose na kořenech motýlokvětých rostlin. Mají schopnost redukovat molekulový dusík na amoniak, čímž se podílejí na koloběhu dusíku v přírodě.

bakterie methanogenní, anaerobní chemolithotrofní archaebakterie. Redukcí oxidu uhličitého vodíkem (CO₂ + 4 H₂ → CH₄ + 2 H₂O) získávají energii, kterou ukládají do ATP v procesu anaerobní respirace. Žijí ve společenstvích s jinými typy bakterií, které produkují pro ně potřebný vodík. Využívají se při výrobě bioplynu.

bakterie mléčné, fermentující bakterie využívající k zisku ATP z glukosy mléčnou glykolysu (viz laktobacily).

bakterie nitrifikační, aerobní chemolithotrofy získávající energii oxidací iontů NH₄⁺ nebo NO₂^- v  dýchacím řetězci. Hrají důležitou roli v koloběhu dusíku v přírodě, protože oxidují amoniak vznikající rozkladem dusíkatých organických sloučenin.

bakterie octové, bakterie rodu Acetobacter, které oxidují ethanol molekulovým kyslíkem za vzniku kyseliny octové (viz nepravá fermentace). Využívá se jich při výrobě octa, jsou naopak nežádoucí ve vinařství.

bakterie železité, aerobní chemolithotrofy, získávající energii oxidací železnatých iontů molekulovým kyslíkem na ionty železité. Často působí problémy tím, že nerozpustnými sloučeninami trojmocného železa ucpávají vodovodní trubky, v nichž proudí voda bohatá na železnaté ionty.