schopnost enzymu přeměňovat z množiny substrátů, které by mohly podléhat dané chemické přeměně, jen některé. Tuto jedinečnou vlastnost enzymů si vysvětlujeme tím, že do aktivního místa enzymu se mohou vázat jen molekuly určitého tvaru a vyhraněných schopností nekovalentně interagovat s vazebnými skupinami enzymu (srovnej enzymy - mechanismus působení). Substrátová specifita může být absolutní (přeměňuje se jen jeden substrát) nebo tzv. skupinová; zvláštními typem této specifity je stereospecifita. Za kvantitativní míru substrátové specifity (vhodnost určitého substrátu pro daný enzym) bývá považován poměr limitní rychlost ku Michaelisově konstantě (Vlim/Km) (viz enzymy – kinetika).