Katalytický cyklus enzymu můžeme rozdělit na tři fáze: reversibilní vazbu substrátu do aktivního centra enzymu, jeho přeměnu na produkt a desorpci produktu. Pro objasnění mechanismu vazby substrátu (zejména pro vysvětlení substrátové specifity enzymu) byl již před více než 100 lety navržen tzv. model zámku a klíče (enzym představuje zámek a substrát klíč, který komplementárně vyplní zámek). Později byl tento statický model doplněn o představu, že substrát a enzym se při interakci ovlivňují a vyvolávají jeden u druhého změny prostorového uspořádání na úrovni konformace (model indukovaného přizpůsobení); zajímavé je zejména přizpůsobení enzymové makromolekuly obvykle mnohem menšímu substrátu (srovnej konformační dynamika). Vazbu substrátu na enzym charakterisuje tzv. substrátová konstanta, t.j. disociační konstanta komplexu enzym-substrát. Vlastní katalytickou přeměnu zajišťuje několik málo tzv. katalytických skupin, které jsou součástí aktivího místa a jsou v přímém, stereochemicky přesně určeném kontaktu s navázaným substrátem; u složených enzymů zajišťují tuto funkci především prosthetické skupiny nebo ionty kovů. Desorpce produktu (produktů) je podobně jako vazba substrátu (substrátů) vratný proces; u některých enzymových reakcí je tento krok v celé sekvenci událostí tím nejpomalejším.