též konformace (angl. spacial arrangement nebo conformation), struktura, vycházející z natočení jednoduchých vazeb v polypeptidovém řetězci, přičemž vlastní peptidová vazba je díky delokalisaci elektronů téměř planární. Prostorové uspořádání je stabilisováno nesčetným množstvím nekovalentních interakcí; je pro každou bílkovinu jedinečné a podmiňuje její biologickou funkci (srovnej denaturace). Prostorová struktura, a tím i biologická aktivita proteinů je často ovlivňována různými typy regulací; k nejdůležitějším patří allosterická regulace a chemická derivatizace (např. fosforylace, glykosylace, řízené štěpení peptidových řetězců). Prostorové uspořádání bílkovin závisí samozřejmě též na konfiguraciaminokyselin; protože všechny kódované aminokyseliny jsou typu L, běžně se o konfiguraci při diskusi prostorového uspořádání nehovoří. Při popisu prostorového uspořádání bílkovin rozlišujeme několik úrovní (viz struktura biopolymerů prostorová).