též zkráceně afinitní, moderní chromatografická metoda, využívající specifické interakce. Tato interakce může být povahy biologické (enzym – substrát, enzym – inhibitor, antigen – protilátka, receptor – agonista apod.) nebo biologickou interakci napodobující (bílkovina – triazinové barvivo, bílkovina – kovové ionty apod.). Jeden z partnerů je pevně navázán na nosič; nazývá se zde ligand. Takto upraveným nosičem (stacionární fáze) je naplněna chromatografická kolona. V dělené směsi (mobilní fázi) je přítomna řada molekul, z nichž jen několik má afinitu k ligandu, naváží se na něj a ostatní složky směsi se z kolony vymyjí. Po promytí kolony se změní složení mobilní fáze tak, aby se oslabila interakce ligand – navázaná molekula. Ta se tak z kolony uvolní a získá se v relativně čisté podobě. Tento typ chromatografie se často provádí vsádkově.