čistá reversibilní inhibice, při níž vazba inhibitoru na enzym neovlivňuje vazbu substrátu. Může tedy existovat komplex enzym–substrát–inhibitor. Enzym má při tomto typu inhibice specifické vazebné místo pro inhibitor. Vazbou inhibitoru je porušena schopnost enzymu přeměňovat substrát, a to buď vyvoláním konformační změny polypeptidového řetězce, v jejímž důsledku se katalytické skupiny dostávají do nevýhodného postavení (viz inhibice allosterická), nebo omezením možnosti konformačních změn, které jsou pro průběh katalysované reakce nezbytné. Z kinetického hlediska se systém chová tak, jako by bylo přítomno menší množství enzymu, neboť část je ho inaktivována vazbou inhibitoru; hodnota Michaelisovy konstanty není tímto typem inhibice ovlivněna, je však snížena hodnota limitní rychlosti. Mechanismem nekompetitivní inhibice působí řada regulačních látek, které ovlivňují souhru metabolických procesů v buňkách (např. srovnej inhibice enzymů koncovým produktem metabolické dráhy).